Im Allgemeinen gibt es zwei Möglichkeiten, Ziele für Transkriptionsfaktoren zu identifizieren: experimentelle (ChIP-seq) und sequenzbasierte Vorhersagen.
TF-Bindung aus experimentellen Daten
Die sind Mehrere Projekte, die Bindungsdaten von Transkriptionsfaktoren erzeugen und deren Peaks im gesamten Genom quantifizieren. Der Vorteil hierbei ist, dass Sie wissen, dass die Bindung tatsächlich stattfindet, im Gegensatz zu Motivvorhersagen. Sie benötigen jedoch die entsprechenden Experimente.
Sie haben bereits ENCODE erwähnt, das wahrscheinlich der größte Hersteller solcher Daten ist. Die Roadmap Epigenomics von NIH ist eine andere, die sich jedoch weniger auf TFs konzentriert.
Wenn Sie eine Genliste haben und wissen möchten, welcher Transkriptionsfaktor wahrscheinlich beteiligt war, können Sie eine durchführen Anreicherungstest Ihres Gensets in bekannten TF-Zielen. Die ChEA-Datenbank (ChIP Enrichment Analysis) führt dies aus.
Vorhersage unter Verwendung von Motiven
Eine andere Möglichkeit besteht darin, Bindungsmotive zu betrachten und sehen Sie, ob Ihre Genliste in diesen angereichert ist. Diese sind jedoch in einem bestimmten Gewebe- oder Zelltyp inaktiv, wenn das Chromatin gepackt ist oder der Methylierungszustand des Promotors ungünstig ist.
Beispiele hierfür sind JASPAR und TRANSFAC -Datenbanken oder das MSigDB-Motivgen-Set (wie Burger erwähnt). Sie können diese Funktionen auch mithilfe der Ensembl-Genomdatenbank ( BioMart, REST) abfragen.
Berechnung der Anreicherung in Gensätzen
Höchstwahrscheinlich besteht eine Analyse, die Sie durchführen möchten, darin, die Anreicherung in Ihrer Genliste zu berechnen, z
Der bequemste Weg ist die Verwendung der Enrichr-Plattform, einer Webseite, die eine Genliste akzeptiert und die Anreicherung berechnet ChEA, JASPAR, TRANSFAC usw. Sie können auch ihre Gensätze herunterladen.