Frage:
Öffentlich verfügbare Genomsequenzdatenbank für Viren?
AlwaysTrying44
2017-06-07 21:54:42 UTC
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Als kleines Einführungsprojekt möchte ich Gensequenzen verschiedener Grippevirusstämme vergleichen.

Gibt es öffentlich verfügbare Datenbanken mit Grippevirus-Gensequenzen?

Ich nehme an, Sie meinen * Genomsequenzen * und nicht * Gensequenzen *?
Drei antworten:
burkesquires
2017-06-07 22:45:42 UTC
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Es gibt nur wenige verschiedene Ressourcen für Influenzavirus-Datenbanken:

  • Die Influenza Research Database (IRD) (auch bekannt als FluDB - basierend auf URL)
    • Ein NIAID Bioinformatics Resource Center (BRC), das die eingebrachten Daten in hohem Maße kuratiert und in zahlreiche andere relevante Datentypen integriert.
  • Die NCBI Influenza Virus Resource
    • Ein Teilprojekt des NCBI mit Daten, die über die GenBank-Daten hinaus kuratiert wurden und Teil des NCBI sind.
  • Die GISAID EpiFlu-Datenbank
    • Eine Datenbank mit Sequenzen der Global Initiative zum Austausch aller Influenza-Daten. Verfügt über eindeutige Daten aus vielen Ländern, erfordert jedoch, dass der Benutzer einer Richtlinie zum Datenaustausch zustimmt.
  • Die OpenFluDB
    • Ehemalige GISAID-Datenbank, die dies tut enthält einige Sequenzdaten, über die die GenBank nicht verfügt.

    • Für diejenigen, die möglicherweise auch an anderen Virendatenbanken interessiert sind, gibt es:

    • Virus Pathogen Resource (VIPR)
      • Ein Begleitportal zum IRD, das kuratierte und integrierte Daten für die meisten anderen NIAID AC-Virus-Pathogene enthält, einschließlich (aber nicht beschränkt auf) Ebola, Zika, Dengue, Enterovirus und Hepatitis C
    • LANL-HIV-Datenbank
      • HIV-Datenbank des Los Alamos National Laboratory mit HIV Daten und viele nützliche Tools für die gesamte Virus-Bioinformatik
    • PaVE: Papillomavirus-Genomdatenbank (aus Quintik-Kommentar)
      • NIAID entwickelt und gepflegtes Bioinformatik-Portal für Papillomaviren

    Haftungsausschluss: Ich habe früher für das IRD / VIPR gearbeitet und arbeite derzeit für NIAID.

    Ich bin froh, dass meine Upvote es Ihnen ermöglicht hat, Ihre Antwort mit weiteren Links zu erweitern :) Ich höre, dass ViralZone http://viralzone.expasy.org/ auch anständig ist (obwohl ich es selbst nicht verwendet habe)
    Danke Chris! Ich bin damit einverstanden, dass Viral Zone großartig ist! Ich denke, es ist eine der besten Websites zur Aufklärung über Viren!
    quantik
    2017-06-08 00:58:49 UTC
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    Zusätzlich zu den Vorschlägen anderer würde ich PaVE als Ressource empfehlen. Dies ist eine kuratierte Datenbank, die von der NIAID verwaltet wird und derzeit über 300 Papillomavirus-Genome enthält.

    Um Antworten auf einzelne Links zu vermeiden, ist es besser, eine Antwort auf die Antwort von burkesquires vorzuschlagen.
    Hallo quantik, danke für deine Antwort und willkommen bei Bioinformatics Stack Exchange. Als neuer Benutzer mit einem Ruf unter 50 ist es Ihnen noch nicht möglich, andere Fragen oder Antworten zu kommentieren (wie von @zx8754 empfohlen). In diesem Fall war Ihre Antwort daher am besten geeignet. Wenn Sie die Antwort einer anderen Person in der Zwischenzeit verbessern möchten, können Sie Ihre Antwort bearbeiten und eine Zusammenfassung der anderen Antwort (en) einfügen, die Sie für angemessen halten. Achten Sie dabei gegebenenfalls auf die Zuordnung.
    Danke quantik ... nette Ergänzung. Ein trauriges Versehen meinerseits, da ich Teil der Gruppe bin, die PaVE entwickelt. :-)
    GenoMax
    2017-06-07 22:31:27 UTC
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    Influenzavirus-Ressource bei NCBI oder FluDB.

    Um Antworten auf einzelne Links zu vermeiden, ist es besser, eine Antwort auf die Antwort von burkesquires vorzuschlagen.
    Diese sind beide oben enthalten. FluDB ist das Bioinformatik-Ressourcenzentrum (BRC) der NIAID Influenza Research Database (IRD), dessen URL fludb.org enthält.


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