Frage:
FeaturePlot von Seurat: Ändern Sie den Titel
Nikita Vlasenko
2018-05-02 03:02:06 UTC
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FeaturePlot ist eine Funktion im Seurat -Paket.

In der Vignette steht, dass bei Angabe des Parameters do.return = TRUE sollte das Objekt ggplot2 zurückgeben. Es funktioniert nicht. Mein Ziel hier ist nur, den Titel der Handlung zu ändern. Im Falle eines Geigenplots kann ich Folgendes tun:

  VlnPlot (Objekt = seurat_object, features.plot = id, do.return = TRUE) + labs (title = endothelial_symbols [1])  

Aber mit FeaturePlot funktioniert ein ähnlicher Code nicht:

  FeaturePlot (object = seurat_object, features.plot = id, cols. use = c ("grau", "blau"), reduktion.use = "tsne", do.return = TRUE) + labs (title = endothelial_symbols [1])  

Geben Sie die Fehler:

Fehler in FeaturePlot (object = seurat_object, features.plot = id, cols.use = c ("grau" ,: nicht numerisches Argument für den binären Operator

Vorschläge sind sehr willkommen.

Einer antworten:
plat
2018-05-02 12:58:15 UTC
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Ich habe es mit einigen Daten versucht, die ich habe, und dies funktioniert für mich:

  p <- FeaturePlot (object = seurat_object, features.plot = id, cols.use = c (" grau "," blau "), reduktion.use =" tsne ", do.return = TRUE) lapply (p, Funktion (x) {x + labs (title = endothelial_symbols [1])})  

Ich denke, das liegt daran, dass FeaturePlot mehrere ggplot-Objekte gemäß den von Ihnen eingegebenen IDs zurückgibt. Dies wird als Liste von Plots zurückgegeben, sodass Sie jedes für die Beschriftung wiederholen müssen.

Dies kann zu "lapply" (p, "+", labs (title = endothelial_symbols [1])) "vereinfacht" werden.


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