Nach Angaben von Ilicic et al. (2016) zur Hochregulation von mtRNA in gebrochenen Zellen:

Es gibt eine umfangreiche Literatur zur Beziehung zwischen mtDNA, mitochondrial lokalisierten Proteinen und Zelltod [34, 35]. Eine Hochregulierung der RNA-Spiegel von mtDNA in zerbrochenen Zellen deutet jedoch auf Verluste im zytoplasmatischen Gehalt hin. In einer Situation, in der die Zellmembran gebrochen ist, geht zytoplasmatische RNA verloren, aber in den Mitochondrien eingeschlossene RNAs bleiben erhalten [...]

Demnach denke ich, dass die mtRNA-Spiegel relativ sind zu endogener RNA kann als Kontrolle für (gebrochene) Zellen von geringer Qualität verwendet werden, ähnlich wie bei ERCC-Spike-Ins. Ilicic T, Kim JK, Kolodziejczyk AA, Bagger FO, McCarthy DJ, Marioni JC, Teichmann SA. Klassifizierung von Zellen geringer Qualität aus Einzelzell-RNA-Sequenzdaten. Genombiologie. 2016, 17. Februar; 17 (1): 29.

Mitochondriale Gene müssen nicht immer entfernt werden, obwohl Sie dies möglicherweise aus verschiedenen technischen Gründen tun müssen.

Mitochondriale Reads unterscheiden sich von Natur aus von rRNA aufgrund von rRNA wird normalerweise während der normalen Bibliotheksvorbereitung ausgeschlossen (daher ist alles, was übertragen wird, im Wesentlichen eine Verunreinigung). Einige scRNAseq-Programme (z. B. RaceID) können in verschiedenen Stadien Stichproben verwenden, die unterbrochen werden können, wenn ein Großteil Ihres Signals an mitochondriale Transkripte gesendet wird. Dann ist es nicht so, dass sie ausgeschlossen werden sollten, weil sie aus Mitochondrien stammen, sondern dass die Ergebnisse stark durch das Vorhandensein SEHR hochexprimierter Gene beeinflusst werden und Ihre Ergebnisse verdächtig sind, wenn Sie diese RNAs nicht entfernen. Wenn Ihre Methoden davon nicht betroffen sind (z. B. wenn Sie robustere Skalierungsmethoden verwenden) oder wenn Sie keine super hohe Expression von mtRNA haben, ist dies nicht explizit erforderlich.

Außerdem sind Sie manchmal sehr möchte mtRNAs behalten, da Sie möglicherweise an Stoffwechselveränderungen interessiert sind. Da ich in einem Institut arbeite, das sich teilweise der Immunologie widmet, betrachten wir oft Dinge wie metabolische Veränderungen, die an der Immunaktivierung beteiligt sind, und das Entfernen von mtRNAs würde dies behindern. Wenn Sie jedoch a priori nicht am Stoffwechsel interessiert sind, ist es nicht unangemessen, Gene auszuschließen, die Sie nicht interessieren.