Das ist die richtige Reihenfolge für 2019-nCov. Coronavirus ist natürlich ein RNA-Virus, und meines Wissens ist jedes RNA-Virus in Genbank als cDNA (AGCT, dh Thydmin) und nicht als RNA (AGCU, dh Uracil) vorhanden.

Der Grund ist Einfach gesagt, wir sequenzieren niemals direkt aus RNA, da RNA zu instabil ist und durch RNase leicht abgebaut wird. Stattdessen wird das Genom entweder durch gezielte reverse Transkription oder zufällige Amplifikation revers transkribiert und somit in cDNA umgewandelt. cDNA ist stabil und ist im Wesentlichen revers transkribierte RNA. Die cDNA wird entweder direkt sequenziert oder durch PCR weiter amplifiziert und dann sequenziert. Daher ist die Sequenz, die wir beobachten, eher die cDNA als die RNA, also beobachten wir eher Thymin als Uracil, und so wird darüber berichtet.

Die meisten Sequenzierungsexperimente, sei es die Illumina-basierte Sequenzierung der nächsten Generation oder die Sanger-Sequenzierung, verwenden DNA als Matrize, nicht RNA. Selbst wenn dieses Virus auf RNA basiert, würde es vor jedem Sequenzierungsexperiment revers transkribiert. Daher ist die Ausgabe DNA und dies ist, was NCBI hier bereitstellt.

Wenn dies [cDNA] wäre, wäre das Ende der wahren mRNA-Sequenz ... UCUUACUGUUUUUUUUUUUU oder ein "Poly (U)" - Schwanz.

Eine cDNA Die Sequenz bezieht sich möglicherweise verwirrend auf den codierenden Strang der cDNA (obwohl sie als "komplementär" bezeichnet wird). Während cDNA das Ergebnis der reversen Transkription von RNA in DNA ist, weist sie konventionell die gleiche Strangigkeit wie die ursprüngliche RNA auf. Deshalb wird das, was Sie sehen, in 5 '→ 3' Richtung gelesen und enthält einen sichtbaren Poly (A) -Schwanz. Eine einzige herkömmliche Leserichtung für alle archivierten Sequenzen vereinfacht die Datenverarbeitung erheblich und reduziert Fehler.

Da cDNA doppelsträngig ist, gibt es keinen a priori Grund, warum eine computergespeicherte cDNA-Sequenz verwendet werden sollte beziehen sich auf den Matrizenstrang (dh den gegenüberliegenden Strang, der während der reversen Transkription aus der RNA synthetisiert wird).

Der gesamte (vereinfachte) Synthesevorgang von cDNA ist wie folgt:

1. Ein Primer hybridisiert mit dem Template-RNA-Molekül.
2. Das RNA-Template wird unter Verwendung von reverser Transkriptase revers in DNA transkribiert.
3. Das RNA-Template wird entfernt.
4. Ein komplementärer Strang wird entlang der (derzeit) einzelsträngigen cDNA transkribiert, was zu einem doppelsträngigen cDNA-Produkt führt.

Es ist nicht üblich, direkt aus RNA zu sequenzieren, da die meisten Sequenzierungsplattformen dies nicht als Option haben. Nanoporen-Sequenzer erlauben dies, aber mir sind noch keine 2019-nCov-Preprints bekannt, die eine Nanoporen-RNA-Sequenzierung beinhalten. Ich gehe davon aus, dass sich dies im nächsten Monat ändern wird.

Es gibt kommerzielle Kits. Es gibt keine unüberwindlichen technischen Probleme. Die direkte RNA-Sequenzierung kann lokal vor Ort in der Nähe des Entdeckungspunkts ohne Probentransfer oder Kultur auf einem USB-Gerät durchgeführt werden, das in eine Tasche passt (die RNA-Vorbereitung dauert ca. 2 Stunden). Durchflusszellen mit potenziell infektiöser RNA können als biologisch gefährlicher Abfall entsorgt werden. Die Leichtigkeit, mit der RNA schnell in stabilere cDNA umgewandelt und dann amplifiziert werden kann, um eine DNA-Probe mit viel höherer Konzentration zu erzeugen (die schneller / effizienter ist, um Ergebnisse zu erhalten), bedeutet jedoch, dass cDNA im Allgemeinen für die Sequenzierung bevorzugt wird, es sei denn, die native RNA ist erforderlich (z. B. zur Untersuchung von RNA-Basenmodifikationen, die bei der Umwandlung in cDNA zerstört werden).

Hier gibt es ein Papier zur direkten RNA-Sequenzierung von Coronaviren mit Nanoporen ; Ich würde erwarten, dass 2019-nCoV eine ähnliche Schwierigkeit haben würde. Das Zika-Virus hat eine extrem niedrige Viruslast im menschlichen Blut, wurde jedoch auch durch direkte RNA-Sequenzierung von [sorgfältig] kultivierten Zellen sequenziert (siehe hier).

Unabhängig davon, ob Wenn keine RNA-Sequenzierung durchgeführt wurde, funktionieren die meisten genetischen Datenanalyseprogramme nur mit A / C / G / T-Sequenzen. Daher ist es üblich, U-Teile einer RNA-Sequenz zur Datenspeicherung durch T zu ersetzen. Auf diese Weise gehen keine Informationen verloren, da T alle Us in der RNA-Sequenz ersetzt.

Ich habe gerade gesucht, dass GenBank Nukleotidsequenzen akzeptiert, ich habe nirgendwo cDNA gesehen und im Wuhan Coronavirus wird es erwähnt / mol_type = "genomische RNA"

Ich bin neugierig