Ich habe zwei Entwurfsgenome (jeweils ca. 500 MB), eines mit ~ 10'000 Gerüsten ( Genom1.fasta code>) und eines mit ~ 1'000 Contigs ( Genom2.fasta ). Ich möchte ihre paarweise Ausrichtung visualisieren, die vor vor einiger Zeit von mummerplot in MUMmer problemlos durchgeführt werden konnte.
Im Sommer wird die paarweise Entwurfsgenomausrichtung unterstützt:
Oft ist es erforderlich, zwei noch nicht abgeschlossene Genome oder zwei Genome mit auszurichten mehrere Chromosomen. Dies kann die Dinge etwas komplizierter machen, da für jede mögliche Paarung der Sequenzen eine separate Ausrichtung erzeugt werden müsste. Sowohl NUCmer als auch PROmer automatisieren diesen Prozess und akzeptieren Multi-FastA-Eingaben, wodurch das Ausrichten von zwei Sätzen von Contigs, Gerüsten oder Chromosomen vereinfacht wird.
Es ist immer noch in Ordnung, wenn ich kleine Teile (z. B. Contig vs Scaffold) ausrichte, da ich hier bekommen könnte. Wenn ich jedoch alles gegen alles mache, erhalte ich ein "Konfetti" -Diagramm (selbstgeprägter Begriff) anstelle eines Punktdiagramms:
Ich bin mir nicht sicher, wie ich das interpretieren soll, und was ich sehen möchte, ist eher eine gerade Linie als die eine. Wahrscheinlich ist es nur eine Frage der Filterung, daher möchte ich um Rat fragen.
Ich habe Nucmer bis Delta-Filter wie folgt verwendet:
# mummer version //4.0.0beta1 # nucmernucmer --prefix = ref_qry Genom1.fasta Genom2.fasta # ref_qry.delta generiert aus dem vorherigen stepdelta-Filter -r -q ref_qry.delta > ref_qry. filter # plotmummerplot ref_qry.filter -R Genom1.fasta -Q Genom2.fasta --filter --layout Gründe für Optionen -r -q in Delta-Filter Schritt:
Um eine Eins-zu-Eins-Zuordnung für jede Referenz und Abfrage zu ermitteln, kombinieren Sie die Optionen und verwenden Sie den Delta-Filter -r -q.
Ich akzeptiere auch andere Methoden zur Visualisierung (muss nicht mit MUMmer sein). Jede Eingabe wird sehr geschätzt!
BEARBEITEN
Ich habe einige Lösungen gefunden, die ich als Antworten gemeldet habe. Ich akzeptiere jeden, der eine Antwort darauf gibt, wie MUMmer-Parameter eingestellt werden, um das Ziel zu erreichen, das ich in der ursprünglichen Frage beschrieben habe.