Frage:
Importieren einer GFF-Datei mit Biopython
Alex Summers
2018-12-10 08:19:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Gibt es eine Möglichkeit, eine GFF-Datei für einen Organismus mit Biopython auf die gleiche Weise wie für eine Genbank-Datei zu importieren?

Zum Beispiel 

  von Bio importiere Entrez als ezez.email = '...' handle = ez.efetch (db = 'gene', id = 'AE015451.2', rettype = 'genbank', retmode = 'xml') h = handle.read ( ) print (h)

Dadurch wird eine Gebank-XML-Datei für Pseudomonas putida importiert. Gibt es eine Möglichkeit, dies für eine GFF-Datei zu tun?

Drei antworten:
conchoecia
2018-12-10 08:57:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nein, derzeit gibt es keine GFF-Unterstützung in Biopython.

Mit diesem Paket, gffutils, können Sie jedoch GFF-Dateien in Python einlesen. Es gibt auch einige andere Pakete zum Lesen / Schreiben von GFF-Dateien, wie gff3 .

Joe Healey
2018-12-12 01:53:27 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ich würde BCBio für die gff-Behandlung verwenden, da es so geschrieben ist, dass es direkt mit dem Objektmodell von BioPython verbunden ist.

Der einzige Nachteil ist, dass es meiner Meinung nach nicht mehr aktiv unterstützt wird. Es ist jedoch das Paket, das die BioPython-Dokumente allgemein verwenden. Es gibt jedoch Pläne, GFF / GTF-Parser in nicht allzu ferner Zukunft gemäß diesem Link ordnungsgemäß in BP zu integrieren.

Daniel Standage
2018-12-13 20:35:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Die meisten GFF-Parser übernehmen das Einlesen von Anmerkungsdaten in Objekte für einen bequemen Datenzugriff, die meisten jedoch nicht die wichtige Aufgabe, Beziehungen zwischen Features aufzulösen. Die Tag Python-Bibliothek führt beides aus und gruppiert verwandte Features für Inspektion, Durchquerung und Feature-by-Feature-Verarbeitung.

CAVEAT : Die Tag-Bibliothek unterstützt nur GFF3.

HAFTUNGSAUSSCHLUSS : Ich bin der Entwickler der Tag-Bibliothek, daher handelt es sich um einen schamlosen Plug. :-)



ⓘ
Diese Fragen und Antworten wurden automatisch aus der englischen Sprache übersetzt.Der ursprüngliche Inhalt ist auf stackexchange verfügbar. Wir danken ihm für die cc by-sa 4.0-Lizenz, unter der er vertrieben wird.
Loading...