Frage:
Macs2 Peak Calling?
star
2018-06-07 21:33:25 UTC
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Ich habe End-ChIP-seq-Daten mit 101 bp und 2 biologischen Replikaten für jedes gepaart. Ich habe mit macs2 Peak Calling durchgeführt, habe aber einige Fragen dazu.

Ich wurde auch mit einer Warnung konfrontiert:

WARNUNG @ Do, 07. Juni 2018, 17:06 Uhr: 05: # 2 Da das aus gepaarten Peaks berechnete d (197) kleiner als 2 * Tag-Länge ist, kann es durch ein unbekanntes Sequenzierungsproblem beeinflusst werden!
WARNUNG @ Do, 07. Juni 2018 17:06:05: # 2 Möglicherweise müssen Sie eine der anderen Alternativen in Betracht ziehen: 197
WARNUNG @ Do, 07. Juni 2018 17:06:05: # 2 Sie können den Prozess mit --nomodel --extsize XXX nach Ihrer Wahl neu starten oder eine beliebige Zahl. Trotzdem wird MACS die Datenverarbeitung fortsetzen.

  1. Ich habe --nomodel --extsize 197 hinzugefügt. --nomodel --extsize 147 und --nomodel --extsize 202 (separat zum Befehl macs2) und haben die Ergebnisse ohne Vorwarnung erhalten? Welches ist korrekter?

  2. Sind breite Peaks von schmalen Peaks verlängert? Wenn ich Schnittpunkte zwischen ihnen anwende, sollte ich eine 100% ige Überlappung zwischen schmalen und breiten Peaks erwarten?

  3. Welche Art von Peak (schmal / breit) ist für H3k27ac, H3k4me1, geeignet? H3k4me3-, H3k27me3-Studie?

  4. Wenn es keine Kontrollgruppe für die Verwendung als Hintergrund gibt, kann ich Standardparameter verwenden?

    5. ol>
Kreuz gepostet: https://www.biostars.org/p/319418/
Einer antworten:
Devon Ryan
2018-06-07 23:52:03 UTC
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  1. Ihr ursprünglicher Befehl ohne --nomodel --extsize ... ist wahrscheinlich der genaueste. Diese Warnung stammt aus einer Zeit, in der die Lesevorgänge viel kürzer waren und wahrscheinlich anfangs nie so viel Sinn machten.
  2. Ein breiter Peak-Aufruf in MACS2 funktioniert im Wesentlichen, indem eine Reihe von nahezu schmalen Peaks gefunden und zusammengeführt werden. Wenn Sie wirklich breite Signale haben, verwenden Sie stattdessen histoneHMM .
  3. H3K27ac, H3K4me1 und H3K4me3 sind eng. H3K27me3 ist breit.
  4. Ja, aber Sie müssen etwas mehr Zeit mit den Daten verbringen, um sicherzustellen, dass die Peaks angemessen sind (wenn nicht, müssen Sie die Parameter anpassen).
    5. ol>
Weitere Informationen zu Devon Ryans Antwort finden Sie unter [dieses Bild] (https://i.stack.imgur.com/olCjj.png) unter [ENCODE] (https://www.encodeproject.org/chip-seq/histone/). .


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