Ich habe eine ausgerichtete Proteinsequenzdatei, die ich zur Rekonstruktion eines sparsamen Baums verwendet habe. Ich verwende derzeit die NNITreeSearcher._get_neighbors-Methode aus Biopython 1.72, aber es ist eine Möglichkeit, nur einen Baum mit der besten Bewertung zu finden.

  def _nni (self, Starting_tree, Ausrichtung): "" Suche nach der besten Sparsamkeit Baum mit dem NNI-Algorithmus (PRIVATE). "" "best_tree = Startbaum, während True: best_score = self.scorer.get_score (bester_baum, Ausrichtung) temp = bester_score für t in self._get_neighbors (bester_baum): score = self.scorer.get_score (t, Ausrichtung) wenn Punktzahl < best_score: best_score = Punktzahl best_tree = t # Stopp, wenn keine kleinere Punktzahl vorhanden ist, wenn best_score > = temp: break return best_tree  

Ich muss alle NNI- generieren Nachbarn der Bäume (zwei Bäume sind NNI-Nachbarn, wenn einer durch eine Austauschoperation für den nächsten Nachbarn in einen anderen umgewandelt werden kann).

1. Ich möchte wissen, wie ich die Gesamtzahl der zuvor generierten Bäume erhalten kann der beste Baum erreicht ist.
2. Ist es möglich, alle Bäume zurückzugeben, die generiert wurden, bevor der beste Baum erreicht wurde, damit die gesamte / erforderliche Anzahl von Bäumen (außer dem besten Baum) gedruckt werden kann?
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