Frage:
R-Paketentwicklung: Wie werden Bioconductor-Pakete bei der Paketinstallation automatisch installiert?
ShanZhengYang
2018-01-22 23:01:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ich habe ein R-Paket auf github, das mehrere Bioconductor-Abhängigkeiten verwendet, 'myPackage'

Wenn ich CRAN-Pakete über Depends: in die BESCHREIBUNG einbeziehe, werden die Pakete automatisch installiert bei der Installation über devtools, dh 

  devtools::install_github('repoName/myPackage')

Dies wird in Abschnitt 1.1.3 Paketabhängigkeiten in erläutert Schreiben von R-Erweiterungen

Gibt es eine Möglichkeit, dies so zu optimieren, dass auch Pakete von Bioconductor automatisch installiert werden?

Normalerweise installieren Benutzer Bioconductor-Pakete über BiocLite , z.B 

  source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("edgeR")
Beachten Sie, dass ab Bioconductor Release 3.8 Bioconductor-Pakete mit `BiocManager :: install ()` installiert werden, das über CRAN installiert werden kann
Zwei antworten:
Konrad Rudolph
2018-01-23 19:57:18 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Wie vorgeschlagen, ist hier ein Beispiel, das die relevanten Zeilen aus einer DESCRIPTION -Datei aus einem von CRAN / GitHub gehosteten Projekt zeigt, das Bioconductor-Abhängigkeiten aufweist ( abgeschnitten): 

  Abhängig von: R (> = 3.3.0) biocViews: Importe: Methoden, snpStats, dplyr

Das relevante Bit ist das leere biocViews: -Deklaration, mit der die Bioconductor-Abhängigkeit {snpStats} automatisch installiert werden kann.

Devon Ryan
2018-01-23 01:04:54 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Hier gibt es einen Trick, bei dem man biocViews: zur Paketbeschreibung hinzufügen muss. Dies ist die einzige Lösung, die ich jemals gesehen habe, um die automatische Installation von Bioconductor-Abhängigkeiten zu ermöglichen. Wenn Sie einige Beispiele benötigen, klicken Sie auf den von mir geposteten Link und scrollen Sie nach unten, um Anforderungen abzurufen, die auf dieses Problem verweisen. Diese enthalten im Allgemeinen das tatsächliche Beispiel.

Ich habe die Beispiele in den von Ihnen erwähnten Pull-Anfragen nicht gefunden. Ich habe jedoch den Github-Spiegel auf CRAN durchsucht. Es gibt DESCRIPTION-Dateien mit einer einzelnen Zeile "biocViews:" vor "Depends:". Andere enthalten Tags wie "biocViews: Infrastructure, RNA"
Vielleicht sollten wir ein Beispiel für eine BESCHREIBUNG veröffentlichen, damit zukünftigen Biohackern * absolut * klar ist, wie das gemacht wird ... diese Nachricht muss sich verbreiten!
Nach `biocViews:` brauchen Sie nichts mehr, das allein reicht aus (siehe `? Devtools :: package_deps`).


ⓘ
Diese Fragen und Antworten wurden automatisch aus der englischen Sprache übersetzt.Der ursprüngliche Inhalt ist auf stackexchange verfügbar. Wir danken ihm für die cc by-sa 3.0-Lizenz, unter der er vertrieben wird.
Loading...