Frage:
Was sind die Vor- und Nachteile zwischen der Verwendung von KEGG oder Reactome?
llrs
2017-05-24 12:35:31 UTC
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Als Anreicherungsanalyse besteht ein üblicher Schritt darin, die in einer Liste von Genen angereicherten Pfade abzuleiten. Ich kann jedoch keine Diskussion darüber finden, welche Datenbank besser ist. Zwei der beliebtesten (in meiner speziellen Umgebung) sind Reactome und KEGG (möglicherweise, weil es Tools gibt, die sie in Bioconductor verwenden). KEGG erfordert ein Abonnement für den FTP-Zugriff, und für meine Forschung müsste ich große Mengen von KGML-Dateien I herunterladen neige mich jetzt zum Reaktom

Welches ist das mit mehr Genen, die mit Pfaden assoziiert sind? Was ist vollständiger kommentiert? Gibt es ein Papier, das sie vergleicht?

Können Sie dies als "Was sind Vor- und Nachteile" anstatt als "Welches ist besser" umformulieren? Letzteres mag SE nicht für das QS-Format, aber ich denke, Ersteres ist in Ordnung.
Fertig @MichaelSchubert Sie könnten das selbst ändern. Aber ich denke, beide sind in Ordnung, wenn das Bessere nicht generell (besser für X und Y) YMMV gepostet wird
Dieser BioStars-Beitrag kann nützlich sein, obwohl er mehrere Jahre alt ist. Https://www.biostars.org/p/3432/
Vielen Dank an @Chris, aber diese Frage ist 6,5 Jahre alt und die Dinge haben sich in dieser Zeit geändert (einschließlich der Gebühr für den FTP-Zugang zu KEGG).
@Llopis Ja, ich habe dieses Detail bearbeitet, kurz bevor Sie geantwortet haben. Ich sage nicht, dass dies Ihre Frage überflüssig macht und nur auf einen möglicherweise nützlichen Link verweist
Unter http://www.pathwaycommons.org/ finden Sie Informationen zum Herunterladen von Pfaddaten. Vielleicht könnten Sie mit beiden (oder mehr) gehen, anstatt nur einen zu wählen.
@woemier Ja, ich verwende tatsächlich sowohl Reactome als auch Kegg, aber das Problem besteht darin, zu vergleichen, ob die Pfade einer Datenbank und der anderen unabhängig vom Namen gleich sind
Drei antworten:
#1
+4
Kamil S Jaron
2017-05-25 03:59:55 UTC
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Ein großer Nachteil von KEGG ist das Lizenzproblem. Ein großer Vorteil von Reacome sind verschiedene Querverbindungen zu anderen Datenbanken und Daten.

ad 1, Dies hängt davon ab, auf welchem ​​Pfad beide Primärdatenbanken vorhanden sind. Manchmal haben andere Datenbanken, die beispielsweise Daten von Primärdatenbanken kombinieren, eine bessere Annotation von Pfaden (es gibt ein Beispiel im unten stehenden Übersichtsartikel).

ad 3, Es gibt sehr umfangreiche relativ neue (2015) Rückblick auf dieses Thema mit Schwerpunkt auf menschlichen Signalwegen: Vergleich der Datenbanken für Signalwege menschlicher Zellen - Evolution, Nachteile und Herausforderungen. Allerdings konnte ich dort nicht finden, welches vollständiger ist ...

#2
+4
agapow
2017-05-26 14:41:04 UTC
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Für Sie wäre der Hauptpunkt, ob eine Anreicherungsanalyse Ihnen eine informative Antwort geben wird. Das macht eine bestimmte Datenbank besser. Und es gibt alle möglichen subjektiven Entscheidungen in ihrer Konstruktion darüber, was ein Pfad ist, was eingeschlossen werden soll, wo Grenzen gezogen werden sollen usw. Unterschiedliche Datenbanken geben unterschiedliche Antworten und es ist nicht klar, welcher korrekter ist.

Durchsuchen Sie also die Referenzen / Hinweise, die von Personen gegeben wurden, wählen Sie einen Dienst aus und verwenden Sie ihn und keine anderen. Springen Sie nicht in Datenbanken herum, bis Sie eine Antwort erhalten, die Ihnen gefällt. Das ist nur Angeln.

+1 für den letzten Satz ist so einfach zu sagen, dass ich mich bei X erkundigen werde, sobald man ein "gutes" Ergebnis erzielt hat und wenn beide übereinstimmen, dann mach weiter.
#3
  0
Johannes Griss
2017-06-01 12:05:30 UTC
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Ein großer Vorteil von Reactome ist meiner Meinung nach die Visualisierung über das Webinterface.

Viele Wege (in Reactome und KEGG) bestehen aus Genen / Proteinen, die über den jeweiligen Weg auf- und abreguliert werden. Wenn Sie eine einfache Überrepräsentationsanalyse durchführen, wird dies nicht berücksichtigt. Daher wird ein Pfad möglicherweise als "überexprimiert" angesehen, obwohl nur die herunterregulierten Gene häufiger beobachtet wurden.

In Reactome können Sie die verschiedenen Pfade sehr bequem vergrößern und diese dann auswählen Inkonsistenzen. Ich habe nicht wirklich eine öffentliche Datenbank und ein Tool gefunden, die diese unterschiedlichen Vorschriften berücksichtigen können. Daher müssen Sie Ihre Daten wahrscheinlich immer manuell untersuchen. Meiner Meinung nach ist dies mit Reactome einfacher als mit KEGG.



Diese Fragen und Antworten wurden automatisch aus der englischen Sprache übersetzt.Der ursprüngliche Inhalt ist auf stackexchange verfügbar. Wir danken ihm für die cc by-sa 3.0-Lizenz, unter der er vertrieben wird.
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