Frage:
Sind fgsea und Broad Institute GSEA gleichwertig?
llrs
2017-05-19 17:32:54 UTC
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Es stehen verschiedene Methoden zur Anreicherung von Gensätzen zur Verfügung. Die bekannteste / beliebteste Methode ist das Broad Institute Tool. Viele andere Tools sind verfügbar (siehe zum Beispiel die biocView von GSE, in der 82 verschiedene Pakete aufgelistet sind). Es werden mehrere Parameter berücksichtigt:

  • die Statistik, die zum Ordnen der Gene verwendet wird,
  • wenn sie kompetitiv oder in sich geschlossen ist,
  • wenn sie es ist überwacht oder nicht,
  • und wie wird der Anreicherungswert berechnet.

Ich verwende das Paket fgsea - Fast Gene Set Enrichment Analysis für Berechnen Sie die Anreicherungswerte und jemand sagte mir, dass sich die Zahlen von denen des Broad Institute unterscheiden, obwohl alle anderen Parameter äquivalent sind.

Sind diese beiden Methoden (fgsea und Broad Institute GSEA) äquivalent, um die zu berechnen Anreicherungswert?

Ich habe mir die Algorithmen beider Artikel angesehen und sie scheinen ziemlich ähnlich zu sein, aber ich weiß nicht, ob sie in realen Datensätzen gleichwertig sind oder nicht.

Gibt es einen Artikel, in dem überprüft und verglichen wird, wie sich die Anreicherungsbewertungsmethode auf das Ergebnis auswirkt? Sub>

Zwei antworten:
#1
+7
burger
2017-05-21 01:24:45 UTC
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Gemäß dem FGSEA-Preprint:

Wir haben die Referenz-GSEA mit Standardparametern ausgeführt. Die Permutationszahl wurde auf 1000 eingestellt, was bedeutet, dass für jeden Eingangsgensatz 1000 unabhängige Proben erzeugt wurden. Der Lauf dauerte 100 Sekunden und führte zu 79 Gensätzen mit einem GSEA-angepassten FDR-q-Wert von weniger als 10-2. Alle signifikanten Gensätze befanden sich in einem positiven Modus. Um eine ähnliche nominelle Genauigkeit der p-Werte zu erhalten, haben wir zunächst den FGSEA-Algorithmus mit 1000 Permutationen ausgeführt. Dies dauerte 2 Sekunden, führte jedoch nach mehreren Testkorrekturen (mit FRD ≤ 1%) zu keinen signifikanten Treffern.

Somit sind FGSEA und GSEA nicht identisch.

Und noch einmal in der Schlussfolgerung:

Folglich können Gensätze in den Ergebnissen genauer eingestuft werden, und was noch wichtiger ist, Standardkorrekturmethoden für mehrere Tests können anstelle von ungefähren Methoden angewendet werden in [GSEA].

Der Autor argumentiert, dass FGSEA genauer ist und daher nicht gleichwertig sein kann.

Wenn Sie speziell an der Anreicherungsbewertung interessiert sind, Dies wurde vom Autor in den Preprint-Kommentaren angesprochen:

Die Werte der Anreicherungswerte und der normalisierten Anreicherungswerte sind für die breite Version und für fgsea gleich.

Dieser Teil scheint also der gleiche zu sein.

Ja, der Preprint spricht viel darüber, wie die p-Werte unterschiedlich berechnet werden, aber ich habe gefragt, ob die Anreicherungswerte gleich sind oder nicht. Ich war mir der unterschiedlichen Methoden zur Berechnung der p-Werte bewusst. Ich finde die Antwort vom Autor selbst
Es tut uns leid. Mir war nicht klar, dass Sie speziell nach dem Anreicherungswert fragten. Möglicherweise möchten Sie die Frage bearbeiten, um dies deutlicher zu machen.
#2
+4
llrs
2017-05-21 15:41:34 UTC
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Ich habe festgestellt, dass der Autor in der Diskussion im Preprint geantwortet hat,

Ich frage mich, ob der Anreicherungswert auf die gleiche Weise berechnet wird wie in der breiten Gsea?

Die Werte der Anreicherungswerte und der normalisierten Anreicherungswerte sind sowohl für die breite Version als auch für fgsea gleich.



Diese Fragen und Antworten wurden automatisch aus der englischen Sprache übersetzt.Der ursprüngliche Inhalt ist auf stackexchange verfügbar. Wir danken ihm für die cc by-sa 3.0-Lizenz, unter der er vertrieben wird.
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