Frage:
Tools zur Simulation von Oxford Nanopore-Lesevorgängen
Daniel Standage
2017-05-22 23:19:53 UTC
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Gibt es kostenlose Open Source-Softwaretools zur Simulation von Oxford Nanopore-Lesevorgängen?

Wofür planen Sie die Simulation von Daten? Meiner Meinung nach besteht angesichts der Fülle öffentlich verfügbarer realer Datensätze nur in sehr spezifischen Anwendungsfällen ein Simulationsbedarf.
Es ist oft nützlich, eine Variante oder eine andere Art von genomischem Artefakt zu simulieren, um zu bewerten, ob ein Werkzeug oder eine Reihe von Werkzeugen das Artefakt korrekt identifizieren kann. Dies ist bei simulierten Daten, bei denen Sie die genaue Antwort kennen, viel einfacher und äußerst wertvoll, selbst wenn die simulierten Daten keine perfekte Reflektion realer Daten darstellen.
Vier antworten:
#1
+8
Leo Martins
2017-05-23 01:43:59 UTC
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Zufällig habe ich gerade heute von einem Nanoporen-Lesesimulator NanoSim gehört. Es wird unter einer GPL-Lizenz veröffentlicht. Ich habe es aber nie benutzt ...

#2
+8
Karel Brinda
2017-05-30 00:09:22 UTC
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Simulatoren, die speziell für Oxford Nanopore entwickelt wurden:

Allgemeine Simulatoren für langes Lesen:

Eine vollständige Liste von Bestehende Lesesimulatoren, siehe Seite 15 meiner Arbeit, Neuartige Rechentechniken zum Mappen und Klassifizieren von Sequenzierungsdaten der nächsten Generation .

#3
+6
burger
2017-05-23 04:05:06 UTC
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Zusätzlich zu dem bereits erwähnten NanoSim gibt es auch SiLiCO und ReadSim (obwohl es seit über 2 Jahren nicht mehr aktualisiert wurde Daher bin ich mir nicht sicher, wie relevant es zu diesem Zeitpunkt ist, wenn man bedenkt, wie schnell die Technologie voranschreitet.

#4
+2
gringer
2017-05-24 08:36:04 UTC
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Die besten Nanoporen-Lesesimulatoren würden den besten Basisanrufern zugeordnet. Damit ein Basisaufrufer den DNA-Strang effektiv modellieren kann, muss er das erwartete zugrunde liegende elektrische Modell zusammen mit dem zugehörigen Signalrauschen (sowohl in der Zeitdimension als auch in der Amplitudendimension) berücksichtigen. Theoretisch sollte es möglich sein, den Algorithmus umzukehren und ein elektrisches Signal bei einer zugrunde liegenden Sequenz zu erzeugen.

Leider sind mir keine Tools bekannt, die versuchen, Nanoporen-Lesevorgänge auf elektrischer Ebene zu simulieren. Jeder "Nanoporen-Lesesimulator", der sich nur auf die Basensequenz konzentriert, müsste alle möglichen existierenden Basismell-Softwaremodelle umfassen, was eine unmögliche Aufgabe ist (insbesondere angesichts der Geschwindigkeit, mit der ONT seine eigenen Basisanrufer aktualisiert).



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