Frage:
Was sind die Vor- und Nachteile der verschiedenen Basisanrufer bei der Oxford Nanopore Technology Sequencing?
charlesdarwin
2018-02-05 00:02:28 UTC
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Was sind die Vor- und Nachteile der verschiedenen Basisanrufer in Oxford Nanopore Technology Sequencing?

Ich bin dabei, einen MinION-Lauf auf meinem Laptop zu starten. Was muss ich bei der Auswahl meines Basisrufers beachten? Kann ich MinION die Sequenzierung durchführen lassen, fast5-Dateien generieren und die Basen später aufrufen? Ich denke, ich könnte Albacore verwenden. Metrichor und MinKNOW können auch Basisanrufe durchführen. Gibt es Gründe, sich für einen anderen zu entscheiden?

Vier antworten:
#1
+7
gringer
2018-02-05 06:12:47 UTC
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Es gibt auch kostenlose und Open-Source-Basisanrufer von Drittanbietern, die nicht von Oxford Nanopore entwickelt wurden.

Besonders hervorzuheben ist Chiron, das die beste unkorrigierte Assembler-Identität aufweist unter den Basisanrufern, die Ryan Wick getestet hat. Es ist langsamer als Albacore, scheint jedoch anpassbarer zu sein und könnte theoretisch verwendet werden, um jedes DNA-Merkmal zu modellieren, das im elektrischen Signal nachweisbar ist, und nicht nur die A / C / G / T-Basensequenz.

Es gibt einen Artikel über Chiron auf BiorXiv.

#2
+5
Scot
2018-02-05 03:18:40 UTC
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Zunächst einmal - ja, Sie können FAST5-Dateien generieren und später einen Basisanruf tätigen. Ein Basisanruf während des Sequenzierungslaufs ist nützlich, wenn Sie schneller Ergebnisse erzielen möchten. Falls gewünscht, können Sie Ihre FAST5-Dateien auch mit mehreren Basisanrufen abrufen.

Derzeit gibt es verschiedene Möglichkeiten zum Basisanruf:

  1. MinKNOW
  2. Albacore
  3. Guppy
  4. ol>

    MinKNOW verwendet eine eingebettete Version von Albacore, um den Basisanruf durchzuführen. Die Version in MinKNOW bleibt jedoch gelegentlich hinter der veröffentlichten Albacore-Version zurück.

    Guppy ist ein GPU-erweiterter Basisanrufer und wurde von ONT noch nicht veröffentlicht. Es wird standardmäßig im GridION verwendet. Die Ergebnisse sind ähnlich, aber nicht identisch mit Albacore, aber Guppy ist viel schneller, wenn Sie eine unterstützte GPU haben.

    Früher gab es in Metrichor eine Cloud-Version von Basecalling, diese ist jedoch nicht mehr verfügbar Das Basisanrufen muss jetzt lokal durchgeführt werden.

    Ich würde vorschlagen, den Vergleich von Ryan Wick der verschiedenen verfügbaren Basisanrufer zu überprüfen, da er einen umfassenden Blick (hauptsächlich aus qualitativer Sicht) geworfen hat ) bei den verschiedenen Basisrufern.

#3
+5
Kieran O'Neill
2018-12-18 00:51:37 UTC
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Ab Dezember 2018 sind zwei Dinge zu beachten:

  1. Albacore wird veraltet (ist aber weiterhin über das Nanopore-Entwicklerportal verfügbar).

  2. Guppy befindet sich in der aktiven Entwicklung, daher spiegeln die Vergleiche von Ryan Wick möglicherweise nicht den aktuellen Stand der Dinge wider. (Die Behauptung ist, dass die aktuelle, gerade veröffentlichte Version von Guppy einen neuen "Flip-Flop" -Algorithmus verwendet, der die Genauigkeit gegenüber Albacore verbessert.)

  3. MinKnow enthält die aktuelle Version von der Produktions-Basisanrufer. Seit der heutigen Veröffentlichung wurde von Albacore auf Guppy umgestellt. Wenn Sie möchten, können Sie MinKnow für Ihren Basisanruf ausführen (der Guppy ausführt), aber Sie benötigen wahrscheinlich einen leistungsfähigen Computer mit Zugriff auf eine gute Menge an Speicher, um dies zu tun.

  4. ol>
#4
+1
Wouter De Coster
2018-02-05 17:23:43 UTC
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Abhängig von Ihrem lokalen System würde ich vorschlagen, den MinION ohne lokalen Basisanruf auszuführen und den Basisanruf später mit Albacore auf dem Server / Cluster durchzuführen. Dadurch wird der Speicherbedarf auf Ihrem Nanoporen-Computer niedrig gehalten. Lassen Sie albacore fastq-Dateien ausgeben, die für die meisten typischen Anwendungen in Ordnung sind. Behalten Sie die fast5-Dateien bei, um das Basecalling mit neueren Versionen von Basecallern zu wiederholen und Nukleotidmodifikationen aufzurufen.



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