Frage:
Gibt es einen öffentlich verfügbaren Multi-Omics-Datensatz?
rraadd88
2017-05-30 17:29:00 UTC
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Ich suche nach einem Multi-Omics-Datensatz, der Genomics, Transkriptomics und Proteomics enthalten kann (z. B. snyderome). Ich benötige einen solchen Datensatz für einführende Datenexplorationszwecke. Es kann also von jedem Wirtsorganismus und von allen experimentellen Methoden / Bedingungen stammen.

Gibt es eine Datenbank / ein Repository, in der ich es finden kann?

Benötigen Sie wirklich alle 3 oder funktionieren 2 davon? Möchten Sie für "Genomics" Histonmarkierungen (oder Methylierung) oder nur DNAseq (z. B. für Variantenaufrufe)?
Genomik (DNAseq) wäre wesentlich. ruhen alle Schichten (mindestens zwei) würde funktionieren.
Bitte [bearbeiten] Sie Ihre Frage und klären Sie, was Sie brauchen. Muss alles aus derselben Zelle oder Person stammen? Suchen Sie nach dem Satz exprimierter Proteine, transkribierter RNA und der zugehörigen Genomsequenz? Oder vielleicht die eines bestimmten Zustands? Was ist parallele Genomik?
Ich wollte einen Vorschlag zur Umformulierung der Frage machen, aber anscheinend habe ich die Bearbeitung vorgenommen. Wenn es jetzt nicht sagt, was Sie wollten, können Sie es jederzeit wieder ändern ...
Drei antworten:
#1
+10
rraadd88
2017-05-30 17:53:40 UTC
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Es gibt eine Datenbank namens OmicsDI, in der nach Multi-Omics-Datensätzen gesucht werden kann.

Hier ist ein Link der zugehörigen Veröffentlichung (Perez) -Riverol, Yasset et al. "Omics Discovery Index - Erkennen und Verknüpfen öffentlicher Omics-Datensätze". BioRxiv (2016): 049205.) für weitere Details.

#3
+2
Johannes Griss
2017-06-03 16:31:04 UTC
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Neben OmicsDI verfügt das EBI über ein spezielles Repository für Multi-Omics-Datensätze: https://www.ebi.ac.uk/biosamples

Es verknüpft die verschiedenen Datensätze zwischen Repositories, dh. PRIDE für MS / MS-basierte Daten und ArrayExpress für RNASeq-Daten.



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