Frage:
Was ist der Unterschied zwischen den Zelltypen ENCODE Tier 1, 2 und 3?
juniper-
2017-05-25 23:21:50 UTC
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Die ENCODE Experiment Matrix bei UCSC listet die verschiedenen verfügbaren Zelltypen unter den Kategorien "Tier 1", "Tier 2" und "Tier 3" auf. Was ist der Unterschied zwischen diesen Klassifizierungen?

Was macht beispielsweise GM12878 zu einem Tier 1-Zelltyp und A549 zu einem Tier 2-Zelltyp?

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Sie sollten [Ein Benutzerhandbuch zur Enzyklopädie der DNA-Elemente (ENCODE)] lesen (http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001046).
Zwei antworten:
#1
+6
Devon Ryan
2017-05-25 23:44:04 UTC
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Die Ebenen geben die ursprüngliche Priorität der Sequenzierung und Verarbeitung der Proben an. Dies ist angesichts der Anzahl der Markierungen und Versuchstypen, die ENCODE zu sequenzieren versuchte, verständlich. Weitere Informationen finden Sie auf der ENCODE-Website.

Bearbeiten : Um ein wenig zu erweitern, sollten Tier-1-Zellen zuerst verarbeitet werden. Dann wurde Tier 2 Zweiter. Natürlich hatte Tier 2 VIEL mehr Zellen, so dass es in 2 und 2,5 aufgeteilt wurde, da es anscheinend bereits Tier 3-Zellen gab.

#2
+1
emilliman5
2017-05-27 01:27:47 UTC
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Von der Website von Encode:

... Um die Integration und den Vergleich von Daten zu erleichtern, die mit verschiedenen Technologien und Plattformen erstellt wurden, hat das ENCODE-Konsortium Zelltypen festgelegt das wird von allen Ermittlern verwendet. Diese gebräuchlichen Zelltypen umfassen sowohl Zelllinien als auch Primärzelltypen, und es wird geplant, die Verwendung von Primärgeweben und embryonalen Stammzellen (ES) zu untersuchen.

Zelltypen wurden größtenteils aus praktischen Gründen ausgewählt, einschließlich Ihre breite Verfügbarkeit, die Fähigkeit, sie leicht zu züchten, und ihre Fähigkeit, eine ausreichende Anzahl von Zellen für die Verwendung in allen Technologien zu produzieren, die von ENCODE-Forschern verwendet werden. Sekundäre Überlegungen waren die Verschiedenartigkeit der Gewebequelle der Zellen, die Darstellung der Keimschichtlinie, die Verfügbarkeit vorhandener Daten, die unter Verwendung des Zelltyps generiert wurden, und die Koordination mit anderen laufenden Projekten. Es wurde auch versucht, zumindest einige Zelltypen auszuwählen, die einen relativ normalen Karyotyp haben ...



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