Frage:
Was ist der Unterschied zwischen der SAM-Mapping-Qualität und dem Blast-E-Wert?
medbe
2017-06-04 04:01:34 UTC
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Blast meldet E-Werte, aber kurz gelesene Mapper melden Mapping-Qualitäten. Sind sie dasselbe? Können sie zueinander konvertiert werden? Wenn nicht, warum meldet Blast keine Mapping-Qualität, während kurz gelesene Mapper keine E-Werte melden?

Einer antworten:
#1
+9
roblanf
2017-06-04 15:24:42 UTC
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Der E-Wert und die Zuordnungsqualitäten sind zwei sehr unterschiedliche Dinge.

Der E-Wert ist "ein Parameter, der die Anzahl der Treffer beschreibt, die man bei der Suche nach a zufällig erwarten kann Datenbank einer bestimmten Größe ". Weitere Details finden Sie hier: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=FAQ#expect

Die Zuordnung Qualität ist ein Versuch, die Wahrscheinlichkeit zu schätzen, dass eine bestimmte Basis aus einem bestimmten Lesevorgang korrekt auf eine bestimmte Stelle im Referenzgenom abgebildet wird. Verschiedene Aligner berechnen die Zuordnungsqualitäten sehr unterschiedlich, daher gibt es keine einfache Möglichkeit, sie zwischen Alignern zu vergleichen. Im Allgemeinen berücksichtigt die Zuordnungsqualität jedoch Folgendes: (i) die Qualität des Basisaufrufs; (ii) die Wiederholungsstruktur der Referenz; (iii) den Ausrichtungsalgorithmus; (iv) ob der Lesevorgang ein zugeordnetes Paar hat; (v) alles andere, was der Autor der Kartierungssoftware gedacht hat, könnte helfen.

E-Werte und Abbildungsqualitäten messen daher zwei grundlegend unterschiedliche Eigenschaften mit sehr unterschiedlichen Verwendungen.



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