Frage:
Was ist der Unterschied zwischen NGS, 2GS, SBS und HTS?
gringer
2017-06-04 01:57:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ich bin ein wenig verwirrt über den Initialismus NGS gestoßen. Ich denke, es wäre eine gute Idee, diesen Begriff (und ähnliche Begriffe wie 2GS, SBS und HTS) für diese Site mit ein wenig Diskussion zu klären.

Was sind die häufigsten Initialismen zur Beschreibung verschiedener Sequenzierungstechnologien?

Ich denke, Ihre Antwort ist gut, aber ich bin auch der Meinung, dass diese Begriffe hauptsächlich für das Marketing verwendet werden. viel informativer, um das Sequenzierungsunternehmen und die Plattform zu benennen. NGS ist das Schlimmste, einige 'NGS' wie SOLID und 454 sind grundsätzlich im Ruhestand
NGS ist nicht so schlecht wie SMRT, das trotz der Ausweitung der "Einzelmolekül-Echtzeitsequenzierung" als PacBio-spezifisch angesehen wird und als Tag für die Nanoporensequenzierung (die auch Einzelmolekül- und Echtzeitsequenzierung ist) verpönt wird ).
Drei antworten:
#1
+5
gringer
2017-06-04 01:57:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Hier sind meine Definitionsversuche:

Sanger: Eine Sequenzierungsmethode, die von kettenterminierenden Didesoxynukleotiden abhängt. Diese Sequenzierung verwendet den unterschiedlichen Fluss von DNA-Sequenzen unterschiedlicher Länge durch ein Gel, um die ursprüngliche DNA-Sequenz zu bestimmen, wobei eine einzelne Sequenz pro Reaktionsbehälter erzeugt wird.

NGS: Sequenzierung der nächsten Generation, auch als 2GS bezeichnet ( Sequenzierung der zweiten Generation). Dieser Begriff wird verwendet, um die erste Welle von Sequenzierungstechnologien zu beschreiben, die auf die Sanger-Sequenzierungstechnologie folgten. Die Verwendung von NGS ist mit dem Aufkommen der Sequenzierung mit langem Lesen verwirrender geworden, da allgemein angenommen wird, dass sich "nächste Generation" auf die neueste Technologie bezieht (was in diesem Fall falsch ist).

HTS: Hochdurchsatz-Sequenzierung. Dieser Begriff beschreibt jede Art von Sequenzierungstechnologie, die große Datenmengen erzeugt, üblicherweise in Form von Millionen verschiedener Sequenzen, die aus demselben Sequenzierungslauf erzeugt wurden.

SBS: Sequenzierung durch Synthese. Dieser Begriff beschreibt eine Sequenzierungsmethode, die von der Synthese von [DNA] -Basen abhängt, damit die Sequenzierung durchgeführt werden kann. Diese Definition kann sich auf die Sequenzierung mit langem Lesen erstrecken (z. B. hängen PacBio-Sequenzierer von der Synthese während der Sequenzierung ab), ist jedoch typischer nur mit der Sequenzierungstechnologie der zweiten Generation verbunden.

Für mich sind ngs und hts dasselbe - jede massiv parallele Sequenzierung (alles nach Sanger). Dies ist weiter unterteilt in Sequenzierung der 2. Generation (kurze Lesevorgänge) und Sequenzierung der 3. Generation (lange Lesevorgänge). Die Sequenzierung durch Synthese kann durch jede Sequenzierung erfolgen, bei der Matrize und Synthese freier Nukleotide verwendet werden (454, Illumina, PacBio).
Wenn Sie "nächste Generation" in mehrere Generationen aufteilen müssen, ist dies wahrscheinlich keine gute Definition.
Einige Leute werden die ABI SOLiD- und Nanostring Hyb + Seq-Sequenzierungstechnologien eher als "Sequenzierung durch Ligation" als als "Sequenzierung durch Synthese" unterscheiden. Ich fasse diese derzeit alle als SBS zusammen, weil ich keinen besseren beschreibenden Namen für den Sammelbegriff gefunden habe.
Ich habe ein bisschen über "Sequenzierung durch Synthese" nachgedacht: Es ist auf einem [Illumina-Flyer, Seite 15] definiert (https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/illumina_sequencing_introduction.pdf) ), es ist definiert, obwohl fluoreszierende Nukleotide gestorben sind ... PacBio schreibt auf [ihrem Web] (http://allseq.com/knowledge-bank/sequencing-platforms/pacific-biosciences/): "Auch, während es eine Form ist Bei der "Sequenzierung durch Synthese" wird in Echtzeit gearbeitet, anstatt jeweils eine einzelne Base (oder einen Basistyp) einzubeziehen. "
Es ist nicht ganz "Echtzeit" -Sequenzierung, da der Basisaufruf durch Decodieren von Fluoreszenz- "Filmen" für jeden Fotodetektor (ZMWG) erfolgt ... aber andererseits ist nichts wirklich in Echtzeit, es sei denn, es erkennt und ruft einzelne Basen an der gleiche Zeit.
Schauen Sie sich auch [Antwort] (https://biology.stackexchange.com/a/21087/32870) zu einer sehr ähnlichen Frage zu Biology.SE an. Was Sie hier schreiben, ist wirklich nicht das, was die meisten Wissenschaftler hinter diesen Begriffen sehen ...
#2
+5
burger
2017-06-05 22:43:35 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ich bin mir nicht sicher, wie angemessen es derzeit ist, die Sequenzierung immer noch als Sequenzierung der nächsten Generation zu bezeichnen. Die führende NGS-Technologie ist Illumina / Solexa, die es zu diesem Zeitpunkt seit über 10 Jahren gibt. 454 war noch früher da. Zu diesem Zeitpunkt ist es nicht wirklich "weiter".

Abgesehen von den Meinungen würde ich dieser Liste auch "Sequenzierung der dritten Generation" hinzufügen, die sich auf lange gelesene Technologien wie PacBio und Oxford Nanopore bezieht. Weitere Informationen finden Sie in dieser Frage zu Biology SE.

Ich habe ein bisschen Probleme, PacBio in eine Sequenzierungsgeneration zu klassifizieren. Es handelt sich um eine modellbasierte Sequenzierungstechnologie (abhängig von einer Polymerase und vorgemischten Nukleotiden für die Sequenzierung), die jedoch im Verlauf eines Laufs nacheinander Einzelmolekül-Reads erzeugt. Ich halte es daher für irgendwo zwischen Sequenzierungstechnologien der zweiten und dritten Generation.
#3
  0
Daniel Standage
2019-01-15 21:15:21 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Die Begriffe "Sequenzierung der zweiten Generation", "Sequenzierung der dritten Generation", "Sequenzierung mit kurzem Lesevorgang" und "Sequenzierung mit langem Lesevorgang" werden häufig verwendet, aber (soweit ich weiß) fehlen häufig verwendete Akronyme / Initialismen

In der forensischen Genetik wird das Akronym MPS häufig für "massiv parallele Sequenzierung" verwendet. Dies beinhaltet definitiv 2G / Short-Read-Sequenzierung (wie Illumina). Es ist weniger klar, ob MPS 3G / Long-Read-Sequenzierung wie PacBio oder Oxford Nanopore enthält, aber da diese in einem forensischen Kontext selten verwendet werden, ist dies ein strittiger Punkt.

Natürlich ist es wichtig, dies anzuerkennen (as @burger hat getan), dass es viel Ungenauigkeit und Meinung bezüglich des angemessenen Umfangs jedes Begriffs gibt. Einige Leute scheinen zu wollen, dass sich ein Begriff auf alles nach Sanger bezieht, was eine unglaubliche Vielfalt an Plattformen in Bezug auf Sequenzierungstechnologie, Leselänge, Durchsatz und Fehlerprofile umfasst. Einige sehr vernünftige Fragen sollten uns ernsthaft über unsere gewählte Terminologie nachdenken lassen: Wie lange müssen (zum Beispiel) Illumina-Lesevorgänge dauern, bis sie nicht mehr als kurze Lesevorgänge klassifiziert werden? Wie viel Durchsatz benötigt ein Sequenzer, um als "hoher" Durchsatz eingestuft zu werden? Wann sind diese Unterscheidungen wirklich wichtig?



Diese Fragen und Antworten wurden automatisch aus der englischen Sprache übersetzt.Der ursprüngliche Inhalt ist auf stackexchange verfügbar. Wir danken ihm für die cc by-sa 3.0-Lizenz, unter der er vertrieben wird.
Loading...