natasa
2017-06-05 21:36:55 UTC
Wir entwerfen ein CRISPR / Cas9-Experiment und denken an die nachgelagerten Datenanalysen.
Gibt es R-Pakete für die Analyse von NGS-Lesezähldaten aus gepoolten genetischen Screenings mit CRIPSR / Cas9, um die Genexpression in einer Zellpopulation zu stören? Ich denke, wir müssen mit den Grundlagen beginnen, d. H. Sequenzverarbeitung, Datenexploration, Visualisierung usw.
Wie unterscheidet sich dies von anderen Expressionsanalysen? Das heißt, Warum können Sie keinen der Standardworkflows für die Analyse differenzieller Ausdrücke verwenden?
Ich möchte nur hervorheben, dass die Verwendung von CRISPR / Cas9 zum Bearbeiten und Schätzen des Ausdrucks per se möglicherweise keine gute Idee ist. Wenn Sie wirklich viele Samples haben, könnten Sie zuerst daran interessiert sein, die durch diese Bearbeitung verursachte Mutationslast zu überprüfen. Dann gehen Sie vorzugsweise mit der Expressionsanalyse. Wie bereits erwähnt, würde ich auch die folgenden Tools verwenden, aber nichts tun, ohne zu überlegen, ob meine Bearbeitung viele SNVs auslöst oder nicht. Wenn es nicht wirft, sollten Sie die Downstream-Analyse mit linearem Mischeffekt durchführen können.