Frage:
Was ist die Skalierung für HOMER-Metagene?
bioinform_noob
2017-06-07 08:39:26 UTC
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Ich versuche, mit HOMER mithilfe einer von mir erstellten Bedgraph-Datei ein Metagenprofil über Genkörpern zu erstellen. Das Problem ist, dass ich jedes Mal eine wirklich seltsame Skalierung auf der y-Achse bekomme. Ich sollte Durchschnittswerte über den Genkörper in der Größenordnung von 5 bis 10 erhalten, aber stattdessen erhalte ich Werte in der Größenordnung von 0,03 bis 0,05 oder weniger. Das Seltsame ist, wenn ich kein Metagen-Skript verwende oder wenn ich kein Histogramm mit der angegebenen Größe verwende, erhalte ich ganz normale Werte - aber das ist leider nicht das, was ich für das Metagen-Profil möchte. P. >

Was fehlt mir?

Einer antworten:
#1
+4
bioinform_noob
2017-06-07 11:15:01 UTC
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Hat es herausgefunden! Für alle, die diesen Thread in Zukunft finden und sich fragen, was los ist: HOMER normalisiert bei Verwendung der angegebenen Option -size die y-Achse auf die Anzahl der Basenpaare in den Intervallen - in diesem Fall die Länge der Genkörper. Um die "rohen" Werte zu erhalten, wie ich wollte, müssen Sie mit der Länge des Genkörpers multiplizieren, um die Normalisierung "rückgängig zu machen".



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