Frage:
Wie kann HISAT2 / StringTie dezimale Abdeckungswerte melden?
PoGibas
2017-06-07 11:21:24 UTC
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Ich habe eine RNA-seq-Analyse mit dem HISAT2 & StringTie-Workflow durchgeführt, vorgeschlagen in: Expressionsanalyse auf Transkriptebene von RNA-seq-Experimenten mit HISAT, StringTie und Ballgown.

Einige der Transkripte / Exons haben dezimale Abdeckungswerte (z. B. 1,1 oder 2,59).

Meine Frage lautet: Wie können diese Tools eine Dezimalabdeckung melden? Wenn nur die Hälfte des gelesenen Exons überlappt, hat dieses Exon eine Abdeckung von 0,5?

Einer antworten:
#1
+6
Lucas van Dijk
2017-06-07 13:31:35 UTC
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Ich vermute, dass dies eine durchschnittliche Abdeckung des Transkripts oder Exons ist.

Formel für die durchschnittliche Abdeckung:

coverage-formula

Wobei:

  • N: Anzahl der Lesevorgänge, denen zugeordnet wird Ihr Transkript / Exon
  • L: durchschnittliche Leselänge
  • T: Transkript / Exon-Länge


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