Frage:
Wie erstellt man ein Cladogramm von Intraspezies-Beziehungen?
twmccart
2017-05-18 00:20:52 UTC
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Ich habe SNP-Daten von mehreren Reissorten, die ich zur Erstellung von Alignments verwendet habe, aber ich denke nicht, dass die üblichen Modelle und Algorithmen zur Erzeugung phylogenetischer Bäume angemessen sind, da diese Sorten nicht das Ergebnis von Speziationsereignissen sind und wurden in ihre Geschichte gekreuzt. Wie kann ich ihren Verwandtschaftsgrad am besten berechnen und visualisieren?

Sie nehmen eine Baumtopologie an, wenn Sie ein Cladogramm zeichnen möchten. Unter dieser Annahme können Sie nur typische Baumbildner verwenden. Ihre Hauptannahme ist die baumartige Beziehung.
Drei antworten:
#1
+4
nuin
2017-05-18 09:30:57 UTC
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Selbst bei Inzucht und anderen genetischen Phänomenen, die die tatsächliche Entwicklung dieser Sorten maskieren könnten, wäre jede phylogenetische Methode in der Lage, Beziehungen genau zu bestimmen.

Versuchen Sie, mit MEGA einen Nachbarverbindungsbaum zu erstellen. Dies ist eine der einfachsten verfügbaren Methoden. Dies sollte Ihnen genug geben, um die Beziehungen der Sorten zu überprüfen.

#2
+1
Jonathan Moore
2019-08-21 19:58:38 UTC
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Wenn die Akzessionen gekreuzt wurden (im Widerspruch zu einer baumartigen Phylogenie), können Sie Splitstree ausprobieren, mit dem versucht wird, eine baumartige Phylogenie mit zusätzlichen Hybridisierungsereignissen abzuschätzen.

#3
  0
Michael
2019-08-21 20:08:51 UTC
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Warten Sie, Sie haben Recht, aber Bäume funktionieren hier nicht.

Dies ist der Bereich der Populationsgenetik. Sie generieren Allelfrequenzen für jeden Ort. Die Allelfrequenzen werden verwendet, um das Hardy-Weinberg-Gleichgewicht, die F-Statistik, Fst und Fis

H-W durchzuführen. Beginnen Sie mit der Verwendung der Struktur-API, um herauszufinden, wie viele Populationen Sie haben. Dies ist eine wichtige Information für die nächsten beiden Analysen:

  • Fis ist hier besonders nützlich, da es sich um den Inzuchtkoeffizienten handelt. Je näher 1 ist, desto mehr Inzucht haben die Daten durchlaufen .

  • Die ersten Abstände können verwendet werden, um einen Baum zu generieren. Dies ist jedoch kein Modell für Punktmutationen, sondern ein Modell für die Migration zwischen Populationen. Sie können die Distanzmatrix in MEGA eingeben und daraus einen Baum erstellen. Die Fstat-API (glaube ich) erledigt dies für Sie.

Popgen ist schwer zu verstehen zuerst herum, aber Sie werden sich daran gewöhnen.



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