Frage:
Ist es möglich, die MinION-Sequenzierung offline durchzuführen?
Iakov Davydov
2017-05-31 11:22:09 UTC
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Ich erinnere mich vage, dass der ursprüngliche Plan von Oxford Nanopore darin bestand, billige Sequenzer (MinION) bereitzustellen, aber Gebühren für Basisanrufe zu erheben. Aus diesem Grund wurde der Basisaufruf in der Cloud durchgeführt, und es war geplant, ihn nach der Einführung der Technologie kommerziell zu machen.

Dies schränkt natürlich die potenziellen Einsatzmöglichkeiten von MinION im Feld ein, da er enorm ist Bereiche haben keine anständige Internetverbindung. Außerdem können in den klinischen Studien nicht alle Daten legal an ein Drittunternehmen übertragen werden.

Zum Beispiel mussten sie für das Ebola-Papier eine spezielle Version von erstellen Ihre Software:

Eine offline-fähige Version von MinKNOW mit deaktiviertem Internet-Ping und deaktivierten Online-Updates wurde uns von Oxford Nanopore Technologies speziell für das Projekt

zur Verfügung gestellt. blockquote>

Heute sind einige Basisanrufer von Drittanbietern verfügbar. Ich kenne Nanocall und DeepNano, aber da sie nicht offiziell sind, kann es für sie schwierig sein, mit den neuesten Versionen von Sequenzern und Zellen Schritt zu halten.

  1. Ist es ab heute möglich, ohne eine spezielle Vereinbarung (wie die Ebola) offline zu sequenzieren.
  2. Wenn nicht, wie sieht die Politik von Oxford Nanopore gegenüber Drittanbietern aus? Anrufer? Werden sie ihnen helfen oder sie irgendwann verklagen?
  3. ol>
Zwei antworten:
#1
+8
gringer
2017-05-31 16:09:17 UTC
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Kurze Antwort: Ja, aber Sie müssen vorher die Erlaubnis (und die geänderte Software) von ONT einholen.

... aber das erzählt nicht die ganze Geschichte. Diese Frage kann sehr verwirrend sein, und das ist ohne Schuld des Fragestellers. Das Problem ist, dass für den MinION die Sequenzierung (oder genauer gesagt die Erzeugung der Rohdaten in Form einer elektrischen Signalverfolgung) vom Basisaufruf verschieden und trennbar ist. Viele andere Sequenzer haben ebenfalls unterschiedliche Rohdaten- und Basisaufrufphasen, sind jedoch nicht in dem Maße demokratisiert, in dem sie sich auf dem MinION befinden.

Der Teil "Sequenzierung" der MinION-Sequenzierung wird von der ONT-Software ausgeführt , nämlich MinKNOW. Wie mir während des PoreCampAU 2017 erklärt wurde, fehlt beim erstmaligen Anschließen des MinION an einen Computer die zur Durchführung der Sequenzierung erforderliche Firmware. Die neueste Version dieser Firmware wird normalerweise zu Beginn eines Sequenzierungslaufs heruntergeladen, indem eine Anforderung an ONT-Server gesendet wird. Im Normalfall können Sie keine Sequenzierung durchführen, ohne auf diese Server zugreifen zu können, und Sie können keine Sequenzierung durchführen, ohne dass ONT davon Kenntnis hat. ONT erkennt jedoch an, dass es Leute gibt, die bei der Sequenzierung keinen Internetzugang haben (z. B. Sequenzierung von Ebola in Afrika oder metagenomische Sequenzierung mitten im Ozean), und eine E-Mail an <[email protected]> mit Gründen führt wahrscheinlich zu einer schnellen Software-Lösung für das lokale Sequenzierungsproblem.

Sobald die Rohsignale erfasst sind, kann der "Basisaufruf" -Teil der MinION-Sequenzierung überall ausgeführt werden. Der von ONT gewartete Basisanrufer ist Albacore, und dieser erhält die ersten Modellaktualisierungen, wenn die Sequenzierungstechnologie geändert wird (was häufig vorkommt). Albacore ist ein lokaler Basisanrufer, der von ONT durch Durchsuchen der Community-Seiten bezogen werden kann (verfügbar für alle, die einen MinION haben). ONT hat darauf umgestellt, dass nur etwa im April 2017 Basisanrufe vor Ort durchgeführt werden dürfen, nachdem festgestellt wurde, dass die Verwendung von AWS-Servern einfach zu teuer war. Albacore ist Open Source und Free-as-in-Beer, hat jedoch eine restriktive Lizenzvereinbarung, die den Vertrieb (und die Änderung) des Programms einschränkt. Albacore ist jedoch nicht der einzige verfügbare Basisanrufer. ONT bietet einen FOSS-Basisanrufer namens nanonet. Es ist ein bisschen hinter Albacore in Bezug auf Technologie, aber ONT hat gesagt, dass sich alle nützlichen Albacore-Änderungen irgendwann auf Nanonet ausbreiten werden. Es gibt einen anderen Nicht-ONT-Basisanrufer, von dem ich weiß, dass er ein neuronales Netzwerk für den Basisanruf verwendet: deepnano. Es gibt andere Basisanrufer, die technologisch unterschiedlich voneinander entfernt sind, und ich gehe davon aus, dass in Zukunft weitere hinzukommen werden, wenn sich die Technologie stabilisiert und veränderungsresistentere Informatiker aktiv werden.

Bearbeiten: ONT hat Ich habe gerade den Vorhang für ihre Basisanrufsoftware zurückgezogen. Alle Repositories, die ich mir bisher angesehen habe (mit Ausnahme des Cliveome), wurden unter der Mozilla Public License (kostenlos und Open Source, mit einigen Bedingungen und Einschränkungen) veröffentlicht. In diesem Software-Repository ist Scrappie enthalten, die Test- / Spitzenversion von Albacore.

#2
+5
H. Gourlé
2017-05-31 12:09:10 UTC
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Kurz gesagt, ja, Offline-Basecalling wird unterstützt.

Oxford Nanopore hat einen offiziellen Offline-Basecaller namens Albacore zur Verfügung gestellt. Wenn Sie ein Konto auf der Nanpore-Community-Website haben, können Sie es von hier herunterladen.

In Bezug auf die Ausführung vor Ort war beim letzten Überprüfen des Live-Basisanrufs immer noch viel erforderlich Rechenleistung, daher möchten Sie den MinION möglicherweise vor Ort ausführen, aber rufen Sie einmal in Ihrem Labor / Ihrer Computereinrichtung zurück.

Mir sind keine Pläne bekannt, die Basisanrufer von Drittanbietern zu verklagen Ich denke, Oxford Nanopore steht ihnen ziemlich positiv gegenüber :-)

Wenn Sie den MinION vor Ort ausführen und die Basis im Labor zurückrufen, wird der gesamte Zweck (naja, ein Teil davon) zunichte gemacht: sofortige Ergebnisse zu erzielen.
In einigen Fällen stimmt dies, aber manchmal möchten Sie Proben in abgelegenen Gebieten / Orten sequenzieren, an denen es unpraktisch / unmöglich wäre, mit DNA-Proben guter Qualität in ein Labor zurückzukehren (d. H. Schwierigen Zugang zu Trockeneis für den Transport). Der MinION ermöglicht es, vor Ort zu sequenzieren und dann wieder im Labor zu analysieren. BEARBEITUNG: Für kleine Sequenzierungsläufe können Sie wahrscheinlich mit einem guten Laptop (8+ CPU) einen Basisanruf tätigen.


Diese Fragen und Antworten wurden automatisch aus der englischen Sprache übersetzt.Der ursprüngliche Inhalt ist auf stackexchange verfügbar. Wir danken ihm für die cc by-sa 3.0-Lizenz, unter der er vertrieben wird.
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