SmallChess
2019-01-31 11:39:46 UTC
PacBio bietet eine längere Leselänge als die kurzen Lesevorgänge von Illumina. Längere Lesevorgänge bieten eine bessere Möglichkeit für die Genomassemblierung und das Aufrufen struktureller Varianten. Es ist nicht schlechter als kurze Lesevorgänge zum Aufrufen von SNP / Indels und zur Quantifizierung von Transkripten. Klingt so, als ob PacBio alles kann, was die Illumina-Plattform bieten kann.
Wäre das ein Grund, sich für Illumina zu entscheiden, wenn PacBios lange Lesevorgänge alles und mehr können?
PacBio hatte früher hohe Fehlerraten und teure Bibliotheken mit geringem Durchsatz. In Bezug auf das Transkriptom, es ist nicht quantitativ, muss mehrere Bibliotheken mit unterschiedlichen Fragmentlängen erzeugen, wiederum nicht quantitativ, erfasst nur reichlich vorhandene Transkripte, vermisst LncRNAs.
@geek_y Können Sie bitte detailliert und wenn möglich unter Bezugnahme darauf eingehen? Ihre Antwort wird für unsere Benutzer nützlich sein, nicht nur für mich!
@geek_y "gewohnt". Bedeutet das, dass PacBio 2019 ähnliche Fehlerraten / Durchsätze wie Illumina hat?
Ich habe nicht nachverfolgt, aber es kann keine niedrigen Fehlerraten und keinen hohen Durchsatz wie illumina haben. PacBio wäre sehr nützlich für Genom- oder Transkriptomassemblierungsprobleme, aber alles andere wie SNP-Aufruf, quantitative Genexpressionsanalyse, Chromatinanalyse (ChIPs, Histone) etc), 3D-Genomprobleme (Hi-C "like") wären besser mit Illumina, an dem die meisten Leute arbeiten.
PacBio ist erheblich teurer und hat eine höhere Fehlerrate (zumindest im Laufe der Jahre ist es besser geworden). Für die Genomassemblierung verwenden Menschen häufig einen hybriden Ansatz. Für andere Zwecke hat PacBio relativ wenig zu bieten.
Ich stimme dafür, diese Frage als nicht zum Thema gehörend zu schließen, da es nicht um Bioinformatik geht, sondern um NGS.
Huh? Bioinformatik * beinhaltet * NGS. Ich stimme dafür, diese Frage zu schließen, weil sie hauptsächlich auf Meinungen basiert.
Meiner Meinung nach beziehen sich nicht alle NGS-Fragen auf Bioinformatik, @gringer, und nicht jede Bioinformatik hat mit NGS zu tun. Daher stimme ich Ihrer Aussage zu "Bioinformatik * beinhaltet * NGS" nicht zu. Diese Frage bezieht sich auf die Spezifikationen verschiedener Plattformen und kann in einem Forum wie [SEQanswers] (http://seqanswers.com/) gestellt werden.
Leute, kein Grund, feindselig zu sein. Die Bioinformatik basiert auf Plattformen. Diese Frage bezieht sich darauf, welche Plattform für lange oder kurze Lesevorgänge in der Bioinformatik geeignet ist und ist themenbezogen.
Dies ist ein relevanter neuer Preprint: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/519025v2TLDR: CCS verbessert die Qualität bis vor kurzem auf Kosten reduzierter Länge. Aber immer noch ein ziemlich teurer Ansatz.
@benn Die Analyse von NGS-Daten ist ein wesentlicher Bestandteil der Bioinformatik. Im weiteren Sinne ist die Generierung von NGS-Daten auch hier ein Thema, da sie für die Arbeit des Bioinformatikers, der sie analysieren wird, sehr relevant ist. Ich verstehe nicht, warum Sie dieses Off-Thema in Betracht ziehen würden. Wir haben sogar [eine Metadiskussion] (https://bioinformatics.meta.stackexchange.com/q/35/298) über solche Dinge geführt, und der Konsens war klar: Biologische Fragen sind thematisch, wenn sie relevant sind Bioinformatik.
Okay Leute, zum Thema
Die engen Abstimmungen behaupten, dass diese Frage meinungsbasiert ist, aber es gibt einige sehr objektive Antworten auf die Frage, welche Sequenzierungsplattform zu wählen ist. Ich denke, die Frage selbst könnte ein wenig umformuliert werden, aber es ist definitiv eine Diskussion zum Thema.
Ich könnte dafür stimmen, die Frage zu schließen, weil sie zu allgemein ist (es gibt keine einzige gute Antwort), aber ich stimme @DanielStandage zu - es gibt so viele objektive Gründe, warum man sich für Illumina entscheidet, und es kann für Forscher, die mit ngs beginnen, sehr wertvoll sein Beachten Sie zumindest einige dieser Kriterien. Ich denke, das ist eine gute Frage.
Zum Schließen von Genomen verwenden Menschen häufig beides: Pac Bio für langgelesene Gerüste, Illumina für hohe Genauigkeit und mehr Abdeckung. Sie haben auch verschiedene Arten von Fehlern, so dass ein einfacher Vergleich der Fehlerraten nicht die ganze Geschichte ist. Sie müssen eine bestimmte Anwendung im Auge haben, um eine Entscheidung darüber zu treffen, welche Sequenzierungsplattform am besten ist. (Das Auflisten einer bestimmten Anwendung in Ihrer Frage würde auch die Neinsager hier unterdrücken, die denken, dass Ihre Frage zu allgemein oder nicht zum Thema gehört.)